行政审批中心的行政审批制度改革很显然获得了很高的成效，却不可避免地还是在过程中出现了部分问题。

（一）行政审批监督体制尚不健全

一是监督主体之间缺乏协调。便民服务中心根据自身的内部章程对进驻的单位部门进行监督，而纪委监察局、效能办依据机关工作人员工作要遵守的工作条例实施监督职能，彼此之间缺少应有的协调沟通，从而导致了服务中心和效能办之间存在相互推诿的现象，不知道自己应该管什么，不应该管什么，长期下来就出现了“失监”、“弱监”。二是行政监督流于形式。行政监督的作用无法有效的发挥，违反法律规定的一些情况在部门之间每年都会发生。三是行政权与监督权缺乏一致。就行政监督来说，目前大多都是停留在事后监督，即在事情发生之后才开始追究有关人员的责任，对于那些发生年限比较长的，可能原先的当事人早已调任、离任，因此很多时候只能不了了之。甚至由于其他因素的干扰，即使发现了事实也没有采取相应的措施。

（二）改革存在落实困难的现象

尽管已经对行政事项进行明确的调整，但在落实发面却存在问题。首先，在调整合并方面，比如以前商务局对于外商在行政审批中心投资企业的设立、变更、审批有三项，要求合并为外商投资企业的设立、变更、停止、终结的批准，然而在事实上，商务局科室之间分工明确，办理又还由三个处室分别执行，因此难以实现落实；又如，关于对所做项目的环境评估，要求将报告表格审批、报告文书审批及登记表格审批合并为建设项目环境影响评估文件审批，但事实上由于与环保局职能上的一些交叉，落实的力度不够。其次，在明确外部程序转为内部程序的行政审批事项目录方面，比如，市级宗教团体的筹备成立、变更、注销前的审批，需由民政局征求民宗局的意见之后审批，绿化工程竣工之前的审批，需由规划局征求住建局之后再审批等，但由于部门与部门之间沟通不够，又存在部门利益，因此实施起来很困难。

（三）改革流于形式，仍存在着办事难、审批难的问题

虽然行政审批中心自成立以来，已经不同程度不同范围内进行了几次行政审批制度改革，有效提升了政府效能，增进了政府服务，但从总体上看，行政审批中心的群众、企业仍然会存在办事难，审批难，时间长的疑问。其实，究其原因，主要是：第一，相关精简事项其中真正包含群众或企业迫切需要解决的内容几乎很少，比如户籍制度、土地使用权等等，这就很容易导致改革不到位；第二，有关政府部门在精简时，为了自身的利益，往往暗箱操作，而这样的操作过程，群众和企业又难以知晓，所以表面形式上是精简了，但实际上所走的程序却一点儿都没有减少，这样最后使得行政审批制度改革仅仅走形式，依然不能满足群众或企业需求。

（四）政府仍存在部分追权逐利思想

虽然行政审批中心已初步举行行政审批体制改革，但事实上仍然存在着很多不必要的稽核事项。由于各地进行改革的进展不一，需要减少与保留的行政审批事项存在差异以及需部门间合作事项也处于分离状态，这就为部门追权逐利提供了肥沃的土壤和空间。再者，很多改革都或多或少出现虚化状态，这是由于与市场和社会的沟通较少，行政审批事项的数量是在减少，但政府对社会的管理权力却没有减少，如行政审批中心海陵区的一些职能单位由于对进入办理审批事项的窗口授权不恰当，接手的职工没有过多的决策权，当场办结的功能不全面，最终致使审批转入部门发生流转现象。[8]其次行政审批中心级部门还存在着对海陵区有关单位行政许可权的约束，市级部门不适用行政服务中心的所规定的审批要求、时间限制。[9]