《幽灵公主》的背景是日本中世纪的室町时代，那时的人们为了躲避战火与苛政，纷纷逃入深山建立家园，而破坏森林中动物们的生存环境。少年飞鸟是战士一族的后裔，他为了保护村落，杀死了一头猪神，而这头猪神受到人类的迫害，已经幻化为邪神，邪神是自然界万物对人类仇恨的化身，要人类抵偿它所受的痛苦和冤屈，飞鸟身中邪神的诅咒，为了解咒，他携同羚角马一同前往麒麟森林，在旅程中，体现出彼此之间的感情，无论遇到什么困难，羚角马都对飞鸟不离不弃，陪伴在他的身边一起面对。飞鸟是正直善良，勇敢善战的英俊少年，唯一一个被人类和山林一起接受的人，是本片重要的组织剧情的线索，一方面帮助城堡的人对抗敌人，带消息给黑帽大人，一方面又与小桑并肩作战，保护森林，保护山神兽。在这森林中有一座炼铁工厂，黑帽大人是当中的首领，她是这部动画中性格最为复杂的任务，她个性勇敢、果断、强悍、干练、有点残酷且崇尚科技，不断开采铁矿，冶金锻造，研制火器，为此不惜与具有神异力量的生物开展。

尽管如此，但从片中个人的言论可以看出幻姬对下属是十分照顾的。她是城堡中的灵魂人物，带领男人们向山林作战，又训练出一班勇敢、有主见、敢言、有力量的女人，她们保护自己保护城堡，不依靠男人，在片中的男人都显得较为无能懦弱。人类发明武器去征服自然、征服神明，只会制造更多痛苦和仇恨。女主角幽灵公主小桑，是白狼神的女儿，被人类抛弃，得到白狼的收养，从小在山林中长大，与狼群作伴，为保护森林甘愿向人类宣战，然而野猪和猩猩并不认同她，既不能成为人亦不能成为野狼族，造成一个半人半兽的矛盾，正是小桑可怜之处。她与白狼神、野猪神以及生灵的守护者掌握生死的山神兽，为保护森林免受人类的破坏，双方展开一场人神斗。山神兽是山森的保护神，大自然的主宰，在月下是通体透明的巨人，白天在森林中是类似四不象的动物，它的足下掌管了生命，所到之处会长出新的生命，同时它的呼吸掌握了万物的死亡，可吸取生命亦可赋予生命。它对人兽之间的漠不关心，直到触及它自身，才会化为魔神报复人类，在最后山神兽倒下时，飞鸟说“山神兽不会死的，因为它本身就是生命，掌握着生和死„”，从中可以感觉到大师将生命置于一种超然的，绝对的高度，所以才说无论如何，你首先得活下去，只要活着，就有出路，生命它将自己寻找到出路。野猪为向人类报复，无惧一切，明知不敌人类依然不怕牺牲，为荣誉而战，是无畏的战士，正如白狼说的“即使知道是陷阱，从正面进攻，是它的光荣”，这正是日本的武士道精神。猩猩本是森林中的智者，因为受到人的迫害，阻碍它们种树，竟愚蠢到相信食人可以得到人的力量，不敢作战，只在有麻烦时出来指责他人，两者形成强烈的对比。片中可爱的树精，代表了大自然的生命，当森林灭绝时，一只一只的树精死去，形成一个触动人心的画面。人和自然不禁会令人想到“环保”的问题，虽然宫崎骏重申本片与环保无关，但在观看的时候难免会想到大自然是美好的，而人类是丑恶的，黑帽大人在片中说过“比起幽灵，人类更加可怕”，但宫崎骏探讨的并不止如此，人类追求生存与幸福的本能，就是与自然中其它种族冲突的来源，尤其人类开始有了科学技术，也是人类「盗火」后所无法避免的原罪。当人类在破坏自然风景时，并不全然只是资本家的欲望等鄙俗理由，如片中山区的铁矿可以换白米而不致挨饿时，尤其宫崎骏在其中也是在描写低下人们辛苦的讨生活。飞鸟与铁工厂的女工一同踩风箱，就是身为人类知晓这辛苦生存的道理。人类既与其他生物完全不同，不「掠夺」自然便无法争取到丰沛的资源与文化，历史的进展，因而虽明知与自然为敌将遭报复，甚至导致相互毁灭，可是持续开发仍是人类「正义」不可退让的一环。环境绝不是单纯以声讨人类的丑恶可以解决的，往往这是结构上的问题，这也是作者能带领观众去看得更深入的所在。带出了宫崎骏说的「自然与人类永远不可能并存」的悲观论理，片中多次强调“活下去”，而宫崎骏所疾呼的「活下去」，当然不是颂扬生命之尊贵与喜悦，而只能是留待后世产生解决这个永恒难题的智慧之前，不得不然的「忍耐与煎熬」。这与《风之谷》中的人道主义、理想主义有所不同。飞鸟与白狼神对话时，曾经问过“难道人类和自然不能够共存吗”?而类似的对话飞鸟亦问过幻姬，这正是片中的重要主题，人类破坏大自然，自然会付出更大的牺牲使一切回复原状。尽管在自然被彻底毁灭前，飞鸟和小桑挽救了山神兽，使大地得以重生，一切都回归自然，但正如小桑所说"这个自然已经不是原来的自然"，死里逃生的黑帽大人只是淡淡地说"一切只好重头再来"，这其中多少包含着仇恨将要循环下去的含义。或许，宫崎骏为避免自己的绝对悲观的思想影响普通的观众，结尾处他让飞鸟对小桑说"你在森林，我在铁镇，我们一起活下去吧"--这不过是他无奈、苦笑着的一个让步。而在片尾，在钢琴的伴奏下，死寂的群山开始复苏，一片生机盎然的样子，最后看见一个小精灵在林中又开始晃动它的脑袋，不能不叫人感受到生命的伟大，一个意味深长，耐人寻味的的结尾。