摘要:中华绒螯蟹（俗称河蟹，Eriocheir sinensis）是我省优势水产养殖品种，产业地位十分重要；而近些年年爆发的白斑综合征病毒（WSSV）疫情给中华绒螯蟹养殖产业造成了重大损失。越来越多的研究表明，肠道微生物组与疾病发生密切相关，本论文借鉴了这一思路，基于中华绒螯蟹肠道微生物组视角，结合了高通量的宏基因组测序和生物信息学分析，动态、整体和定量地展示了不同WSSV感染阶段中华绒螯蟹肠道微生物组的变化，探究了肠道菌群、病毒感染与中华绒螯蟹免疫防御之间的关系。结果表明，中华绒螯蟹在WSSV感染的不同阶段（control，6 h和48 h），肠道菌群组成总体较为一致，优势菌包括厚壁菌门Firmicutes（36.98%）、变形菌门Proteobacteria（30.9%）、柔膜菌门Tenericutes（19.2%）和拟杆菌门Bacteroidetes（10.6%）等。但随着感染时间的延长，总计12个门、44个目和68个科的肠道菌数量呈现显著差异。这种特征性的变化趋势及菌群结构能够较好反应中华绒螯蟹的健康状况。另外，研究中还发现了一些特殊的现象，如柔膜菌纲在本研究中的中华绒螯蟹（来自南京固城湖）中是优势菌，但在长江和崇明岛来源的蟹肠道中则含量较低，提示肠道菌组成同时也与栖息地密切相关。本论文结果可以为更好研究WSSV与宿主的互作，深入理解WSSV的致病机理、宿主免疫防御反应及益生菌产品开发等提供有价值信息。

关键词：中华绒螯蟹肠道微生物组16S rDNAWSSV

目录

摘要

Abstract

1.文献综述-1

1.1 中华绒螯蟹概述-1

1.2 WSSV概况-1

1.2.1 WSSV的发现-1

1.2.2 WSSV的主要宿主范围-1

1.2.3 WSSV与中华绒螯蟹-2

1.3 虾蟹肠道微生物的研究进展-2

1.3.1 虾蟹肠道正常菌群的生理功能-2

（1）营养功能-2

（2）辅助消化功能-2

（3）免疫功能-2

（4）屏障功能-3

1.3.2 虾蟹肠道菌组成与群落结构的影响因素-3

1.3.2.1 宿主因素-3

1.3.2.2 非宿主因素-3

（1）水环境-3

（2）饵料-4

（3）药物-4

（4）益生菌-4

（5）其他因素-4

1.4 虾蟹肠道微生物组的研究方法-4

1.4.1传统分类鉴定方法-4

1.4.2分子生物学方法-4

1.5 本研究的目的和意义-5

2.研究报告-6

2.1 材料和方法-6

2.1.1 实验动物-6

2.1.2 人工感染实验-6

2.1.2.1 WSSV病毒悬液制备-6

2.1.2.2 感染实验-6

2.1.3 样品采集与处理-6

2.1.4 组织病理学分析-6

2.1.4.1 石蜡切片H.E染色-6

2.1.4.2 透射电子显微镜（TEM）负染-7

2.1.5 肠道菌群16S rRNA基因的PCR扩增-7

2.1.6 生物信息学分析-8

2.2 结果-8

2.2.1 组织病理学分析-8

2.2.2 原始数据统计与PCR扩增产物质量检测-9

2.2.3 OTU聚类分析-10

2.2.4 样品多样性分析-12

2.2.5 物种注释、分类及群落结构分析-13

2.3 讨论-16

致谢-18

已取得的科研成果-19

参考文献-20