摘要:肠道微生物组与动物体的健康有着密切的联系，但是有关于其在水生生物宿主内功能的研究还处于起步阶段，并没有被完全阐明。全球水产养殖业中有多种危害极大的病原，白斑综合征病毒( white spotsyndrome virus，WSSV)就是其中之一。WSSV对于宿主具有很强的感染能力且具有泛嗜性，WSSV分布地域也十分广泛，所以在水产甲壳类动物中，大多数都是其主要宿主。为了确定WSSV对中华绒螯蟹肠道微生物菌群组成的影响，可在Illumina公司MiSeq测序平台上用16S rRNA方法分析蟹肠道微生物组在感染WSSV前和48h后肠道菌群的变化。实验结果显示：无论在WSSV感染前还是48h后在蟹肠道内最具优势的菌门为厚壁菌门、软壁菌门、变形菌门和拟杆菌门四门。然而，通过进一步地研究发现, 在WSSV感染前和48h后肠道菌群超过12个菌门，44个目和68个科的细菌丰富度存在着显著的差异。

关键词：

肠道微生物；白斑综合征病毒；中华绒螯蟹；16S rRNA

目录

摘要

Abstract

1.文献综述-1

1.1 肠道微生物组-1

1.1.1 肠道微生物组与人类疾病的关系-1

1.1.2 肠道微生物组与水生生物疾病的关系-1

1.2 中华绒螯蟹养殖与白斑综合征病毒-2

1.3 白斑综合征病毒研究进展-2

1.3.1 WWSV的命名-2

1.3.2 WSSV的形态学特征-3

1.3.3 WSSV的结构蛋白-3

1.3.4 WSSV入胞机制-3

1.3.5 WSSV的传播途径-4

1.4 16S rRNA 测序技术-4

1.5 研究目的及意义-4

2.研究报告-5

2.1 实验材料与方法-5

2.1.1 实验动物-5

2.1.2 人工感染实验-5

2.1.3 样品采集与处理-5

2.1.4 组织学分析和电镜观察-5

2.1.4.1 组织学分析-5

2.1.4.2 投射电子显微镜（TEM）观察-6

2.1.5 PCR扩增和16S rRNA测序-6

2.2 数据统计分析-6

2.3 结果-7

2.3.1 主要感染症状-7

2.3.2 PCR质量检测-7

2.3.3 组织病理学分析-8

2.3.4 总序列读取，质量修剪和OTU聚类-9

2.3.5 α多样性指数-10

2.3.5.1 香农多样性指数-10

2.3.5.2 辛普森指数-10

2.3.5.3 Chao1指数-11

2.3.5.4 观测到的OTU指数-11

2.3.6 β多样性-12

2.3.6.1 UPGMA聚类-12

2.3.6.2 PCoA-12

2.3.7 微生物组成与结构-13

2.3.7.1 门水平分析-13

2.3.7.2 纲水平分析-14

2.3.7.3 目水平分析-15

2.3.7.4 科水平分析-15

2.3.7.5 属水平分析-16

2.4 讨论-16

致  谢-18

参考文献-19