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摘要:本论文通过梯度稀释法分离培养牛蒡根际土壤中的细菌,筛选到的菌株主要有三种: NP20分类属于肠杆菌属Enterobacter;NP25分类属于Pectobacterium;NP47分类属于Acinetobacter。鉴定菌株的方法是:提取出基因组DNA,通过PCR反应克隆出16S rDNA片段,通过测序获得其序列,在NCBI网站上使用BLAST程序获得与其序列相似性最高的几个序列,使用DNAMAN等软件分析比对这些序列,获得同源树,确定相似性最高物种的分类地位,最后可以初步确定所分析菌株的种类。
关键词 牛蒡;根际;菌株鉴定;16S rDNA
目录 摘要 Abstract 1 绪论-1 1.1 牛蒡的研究概况-1 1.2 植物根际微生物-1 1.2.1 植物根际微生物概况-1 1.2.2 植物根际菌群的形成-2 1.2.3 植物根际微生物的特性和功能-2 1.3 菌种鉴定-3 1.3.1 菌种鉴定概况-3 1.3.2 传统的菌种鉴定-4 1.3.3 现代菌种鉴定方法-4 1.4 根际微生物的研究背景-5 1.5 本研究的目的和意义-6 2.1 实验材料与设备-7 2.1.1 样品-7 2.1.2 培养基-7 2.1.3 试剂-7 2.1.4 主要仪器设备-7 2.2 实验基本操作方法-7 2.2.1 培养基与常用试剂的配制-7 2.2.2 高压灭菌-8 2.2.3 菌株的筛选纯化-8 2.2.4 菌株保藏-9 2.2.5化学转化-9 2.3 根际菌株分离和计数-10 2.4 基因组DNA提取-10 2.5 电泳实验-10 2.5.1电泳的原理-11 2.5.2 电泳的具体操作步骤-12 2.5.3 电泳实验注意要点-13 2.6 菌株16S rDNA序列分析-13 2.6.1 引物设计与合成-13 2.6.2 PCR扩增16S rDNA序列-13 2.6.3 16S rDNA 序列的测序分析-13 3 结果与讨论-14 3.1 牛蒡根际菌群数量的分析-14 3.2 16S rDNA序列分析-14 3.3-分离到的菌株及16S rDNA相关序列-15 3.3.1 NP20-15 3.3.2 NP25-16 3.3.3 NP47-16 3.4讨论-17 3.4.1 16s rDNA结果分析-17 3.4.2 根际可培养微生物研究展望-18 致谢-19 参考文献-20 |